3 września 1999 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski, przychylając się do wniosku Prezesa Rady Ministrów, na podstawie art. 161 Konstytucji RP, postanowieniem z dnia 3 września 1999 roku odwołał Janusza Tomaszewskiego z urzędów: wiceprezesa Rady Ministrów i ministra spraw wewnętrznych i administracji. Podczas spotkania prezydent Aleksander Kwaśniewski powiedział m.in: To są gorzkie chwile, ale wpisane w logikę demokracji i zgodne z konstytucją. Otrzymałem wniosek Prezesa Rady Ministrów o odwołanie wicepremiera i ministra spraw wewnętrznych i administracji Janusza Tomaszewskiego. Uzasadnienie mówi o utracie zaufania i o zakończeniu współpracy. Wiem również, że z wolą zwolnienia się z obowiązków wystąpił minister Tomaszewski. To są dla mnie, zgodnie z konstytucją, zasadnicze motywy decyzji, które zostały przedstawione przez Prezesa Rady Ministrów i które powodują, że dzisiaj wręczyłem odwołanie. Korzystam z tej okazji, żeby powiedzieć, iż doceniam wysiłki, jakie pan Janusz Tomaszewski podjął, obejmując trudny urząd.Urząd, który był związany z najtrudniejszymi sprawami jak: walka z bezrobociem, z przestępczością, zapewnienie Polakom bezpieczeństwa, zbudowanie w ramach reformy struktur administracji państwowej w nowych województwach, współpraca z samorządem terytorialnym, walka o zabezpieczenie naszych granic. Zdaję sobie sprawę, że nie wszystko było możliwe do wykonania i nie wszystkie efekty pracy dają satysfakcję obywatelom, także, jak sądzę, samemu ministrowi. Chcę podkreślić, że zadanie było, jest i pozostanie na przyszłość wyjątkowo niełatwe. Chciałbym więc za podejmowane wysiłki dla dobra Polski serdecznie podziękować i wspomnieć o tym , co wiązało się również z naszą współpracą, a co ogromnie doceniam. Odbyliśmy w historii najdłuższą wizytę papieża i struktury podległe ministrowi wykazały i wielką sprawność i wielką odpowiedzialność. Polska granica jest dziś chroniona lepiej niż wcześniej (...). Chcę podziękować za współdziałanie z Kancelarią Prezydenta RP w kwestiach, które podejmowałem ja i moi współpracownicy takich jak: walka z narkomanią, z przestępczością nieletnich. Chcę również wyrazić podziękowanie za to, że w trudnych nagłych sytuacjach np. jak ubiegłoroczna powódź na Ukrainie, czy trzęsienie ziemi w Turcji, reagował natychmiast i skutecznie (...). Chcę również powiedzieć o problemie, który nie może zostać w naszym gronie tajemnicą, a który stał się wielkim, a moim zdaniem niesłusznie, wielkim tematem w ostatnich tygodniach. Moje stanowisko w sprawie lustracji było wypowiadane wielokrotnie i wobec rozwiązań, które zostały przyjęte, było krytyczne. Chociaż wiele ze słabości tej ustawy poprawiono, to uważam, że ona nadal jest instrumentem, który jest i nadal może być źle używany. Nie ma wątpliwości, że Polska powinna zamknąć ten etap historii i dokonać remanentu z przeszłości, także w postaci lustracji(...). Dobrze, że stworzyliśmy mechanizmy, które umożliwiają korzystanie z zasobów archiwalnych zainteresowanym osobom. Natomiast, odnoszę wrażenie, że błędy, na które zwracałem uwagę przy ustawie lustracyjnej, są dzisiaj jednym z poważnych problemów naszego życia publicznego. Apeluję więc do większości parlamentarnej o wyeliminowanie tych błędów. Przede wszystkim instytucji donosu, która uczyniła już wiele złego, a która nadal może być tego rodzaju instrumentem. Chcę również zaapelować do AWS, żeby zrezygnować z niesłusznej zasady, iż o, to w sprawach objętych lustracją nie obowiązuje zasada domniemania niewinności. Cywilizowany świat, budowany na prawie, przyjmuje tę zasadę jako jedną z fundamentalnych. I tak długo, jak sądy niezawisłe w sposób ostateczny nie przesądzą o winie czy niewinności, tak długo wyroki nie powinny być ferowane. W Polsce mamy do czynienia niestety z tym, że najpierw są wyroki, często wypowiadane politycznie i publicznie, a dopiero później ludzie uzyskują szansę obrony. Jest to praktyka, która nie może być tolerowana, która jest praktyką błędną. Raz jeszcze proszę, aby zrezygnować z tej metody, niech ludzie mają szansę do wyjaśniania wielu spraw, które są zawiłe, a politycy niech nie starają się być świętsi od papieża (...). Chcę powiedzieć, że wraz z oskarżeniem ludzi i podejmowaniem decyzji personalnych, wiąże się problem moralny. Co uczynimy, kiedy okaże się, że są oni niewinni. Jaki rodzaj odszkodowań, sprawiedliwości może być im wtedy udostępniony. Byłoby czymś nienaturalnym, gdyby za nad gorliwość polityków i za nie przestrzeganie tej światowej fundamentalnej zasady domniemania niewinności, mieli płacić podatnicy. Bo to budżet miałby płacić odszkodowania dla osób pokrzywdzonych. Tego III Rzeczpospolita nie mogłaby zaakceptować (...).