3 lipca 2001 r. Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski odmówił podpisania ustawy o zmianie ustawy o ustroju miasta stołecznego Warszawy, uchwalonej 8 czerwca br., i przekazał ją Sejmowi z umotywowanym wnioskiem o ponowne rozpatrzenie. Ustawa, utrzymując podział Warszawy na samodzielne gminy warszawskie, nie realizuje, zdaniem Prezydenta RP, celu, jaki przyświecał pracom parlamentarnym nad nową ustawą, tj. stworzenia ustroju miasta o czytelnej strukturze, jednolicie zarządzanego i w pełni wypełniającego funkcje stołeczne. Utrzymanie rozbicia Warszawy na odrębne gminy oznacza w dalszym ciągu problemy w zarządzaniu stolicą, w pozyskiwaniu inwestorów, kredytu, środków pomocowych. Prezydenta niepokoi fakt, iż ustawa spowodowałaby rozrost administracji warszawskiej, gdyż nie zmniejszając liczby gminnych jednostek samorządowych i zachowując niezmieniony korpus urzędniczy powołuje nową strukturę - Warszawski Zespół Miejski, który wymagałby stworzenia odpowiedniego aparatu obsługi. Ustawa przewiduje zwiększenie liczby organów stanowiących i zarządzających oraz szczebli kompetencyjnych, co doprowadzi do zagmatwania i wydłużenia procesów decyzyjnych. Prawnie wadliwe jest, w przekonaniu Prezydenta RP, pozbawienie gmin samodzielności w zakresie planowania przestrzennego. Zniesienie przez ustawę dzielnic Gminy Warszawa-Centrum może zagrozić realizacji podstawowych zadań z zakresu obsługi mieszkańców, jakie obecnie wykonują te jednostki, zwłaszcza że powołanie nowych dzielnic wymagałoby dłuższego czasu. Za istotną wadę Prezydent uważa brak konsultacji w sprawie utworzenia Warszawskiego Zespołu Miejskiego, wymaganych przez Europejską Kartę Samorządu Terytorialnego. Prezydent RP uważa także, że założenia ustawy nie uwzględniają tendencji i kierunków rozwoju stolic państw członkowskich Unii Europejskiej.