18 marca 2004 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski złożył gratulacje Jego Ekscelencji abp. Józefowi Michalikowi w związku z wyborem na stanowisko Przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski. W skierowanym do abp. Józefa Michalika liście Prezydent RP podkreślił: „Wielkim staraniem i dobrą wolą udało nam się zbudować w Polsce bliską współpracę i oparte na wzajemnym poszanowaniu relacje między państwem i Kościołem. Jesteśmy krajem religijnego pokoju i ekumenicznego dialogu. To wielkie osiągnięcie, które należy pielęgnować jako dobro wspólne, wiodące nas ku pomyślności Ojczyzny i Polaków. Jestem przekonany, że w osobie Waszej Ekscelencji wartości te zyskują wielkiego sprzymierzeńca i orędownika”.