20 września 2005 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski odznaczył - w uznaniu wybitnych zasług w propagowaniu polskiej historii i tradycji narodowych, za osiągnięcia w upamiętnianiu polsko – brytyjskiej współpracy wywiadowczej w czasie II wojny światowej - Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski Jana Ciechanowskiego.

Zwracając się do zebranych Prezydent RP powiedział:

Chcę wyrazić radość, że mogę dzisiaj uhonorować w imieniu Rzeczypospolitej profesora Jana Ciechanowskiego – żołnierza Armii Krajowej i uczestnika Powstania Warszawskiego, wybitnego historyka, znamienitego przedstawiciela angielskiej Polonii. To zaszczytne wyróżnienie – Krzyż Wielki Orderu Odrodzenia Polski jest skromnym podziękowaniem za wszystko, co powodowany patriotyzmem i obywatelskim uczuciem, uczynił Pan dla swojej Ojczyzny. Witam wszystkie osoby, które Panu towarzyszą, witam wszystkich gości tej uroczystości.
Pan profesor Jan Ciechanowski z emigracyjnego oddalenia – wiedzą, talentem i piórem służył Polsce zawsze i z całą mocą. Jesteśmy Panu winni wdzięczność za promowanie Polski w brytyjskich kręgach opiniotwórczych, tak potrzebne w czasie starań o nasze członkostwo w NATO i Unii Europejskiej. Jesteśmy wdzięczni za aktywne poparcie naszych narodowych aspiracji.
Choć przez długie lata był Pan nieobecny w kraju, w rzeczywistości zawsze był Pan blisko niego, dając temu wyraz w swojej pasji – badaniach polskich dziejów najnowszych. Wiele dyskusji i polemik, nie tylko wśród historyków, wzbudziła Pańska książka poświęcona Powstaniu Warszawskiemu. Dokonując wnikliwej analizy politycznych i wojskowych uwarunkowań, miał Pan odwagę, wielką odwagę podjąć polemikę z mitem i postawić pytania o ostateczny sens tego tragicznego w skutkach zrywu mieszkańców stolicy. Pańska odwaga, którą tu podkreślam jest nadzwyczajna i potrzebna także współcześnie, bowiem czas mitów jest ciągle obecny i mity coraz bardziej rozpowszechniane.
Jestem pod wrażeniem Pańskiej niestrudzonej działalności, która przejawia się nie tylko na niwie pisarskiej i publicystycznej. Moje wielkie uznanie budzi także udział Pana Profesora w pracach Polsko-Brytyjskiej Komisji Historycznej, z której raportem mogliśmy się niedawno zapoznać.
Ten raport to triumf prawdy. Wreszcie, po sześćdziesięciu latach od zakończenia wojny, doczekaliśmy się oficjalnego potwierdzenia, jak wiele zawdzięczali Brytyjczycy polskiemu wywiadowi, polskim matematykom i kryptografom. Mam nadzieję, że ten cenny dokument, którego jest Pan współautorem, otworzy nowy rozdział w badaniach nad rolą Polski w obozie aliantów. Nad naszym, często niedocenianym, co z żalem stwierdzam, wkładem w zwycięstwo nad III Rzeszą.
Panie Profesorze, Chcę raz jeszcze pogratulować odznaczenia, które prosze traktować jako wyraz wdzięczności Polski i Polaków za Pańską wierność Ojczyźnie i troskę o jej dobre imię.
Życzę Panu zdrowia. Życzę energii w kontynuowaniu Pańskiego dzieła. Będziemy czekać na nowe publikacje, na kolejne książki, bowiem one są dla nas ważne, lepiej pozwalają nam poznać historyczną prawdę i lepiej zrozumieć złożoność polskich losów, a także lepiej pojąć samych siebie. Za to wszystko jesteśmy Panu bardzo wdzięczni. Panie Profesorze,w imieniu Rzeczypospolitej dziękujemy i życzymy wszystkiego najlepszego.