26 stycznia 2005 roku w Archikatedrze Św. Jana w Warszawie Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski wziął udział we Mszy żałobnej w ramach uroczystościach pogrzebowych Jana Nowaka-Jeziorańskiego.

Po zakończeniu nabożeństwa, zwracając się do zebranych Prezydent RP powiedział m. in.:

Żegnamy dziś człowieka, który kształtował polską historię. Rozumnego i niezłomnego patriotę. Człowieka przenikliwego widzenia i śmiałego, rzutkiego czynu. Oddajemy hołd postaci, która zapisuje się jako jeden z największych polskich autorytetów.
Nie był wodzem – choć potrafił być żołnierzem i z najwyższym poświęceniem walczyć o wielkie cele. Nie piastował wysokich funkcji państwowych – ale jak mało kto rozumiał Polskę i nasze miejsce w burzliwym świecie, a pojmowanie cnót obywatelskich, powinności wobec Rzeczypospolitej, postawił w samym centrum swego życia. Jan Nowak-Jeziorański był człowiekiem, który w każdych warunkach pełni służbę. Obywatelem, który daje świadectwo i rozpala w ludziach nadzieję. Polska była jego obsesją, Polska była jego wielkim marzeniem i codziennym wyzwaniem. W ogromnym stopniu to właśnie Jemu zawdzięczamy naszą dzisiejszą wolność, niepodległość i bezpieczeństwo.
W każdej roli służył Ojczyźnie. Jako żołnierz września i Armii Krajowej; jako nieustraszony emisariusz między Państwem Podziemnym w kraju a władzami na uchodźstwie; jako warszawski powstaniec. Potem, po wojnie, jako wieloletni dyrektor Radia Wolna Europa; konsultant Państwowej Rady Bezpieczeństwa Stanów Zjednoczonych, z nieograniczonym niemal dostępem do kolejnych prezydentów USA; a dalej - jako jeden z dyrektorów Kongresu Polonii Amerykańskiej. Zawsze i wszędzie był wybitnym, ogromnie wpływowym orędownikiem wolnej Rzeczypospolitej. Był nieoceniony w zabiegach na rzecz opozycji demokratycznej w kraju, w staraniach o redukcję naszego zadłużenia, był wspaniały, gdy walczył o przyjęcie Polski do NATO. Bardzo wiele zawdzięczamy Mu także jako komentatorowi naszych polskich szans i zagrożeń wtedy, kiedy wrócił do Warszawy i tu osiadł. Patrząc na Jego gigantyczne dzieło, przekonujemy się, że trafne jest stwierdzenie, iż mimo 45 lat przymusowej emigracji tak naprawdę Jan Nowak-Jeziorański nigdy Polski nie opuścił. Ona zawsze była obecna w Jego sercu, ona kierowała Jego myślami, dawała Mu tę niespożytą energię, kierowała Jego dążeniami.
Może najbardziej zachwyca konsekwencja Jana Nowaka-Jeziorańskiego i Jego nadzwyczajny zupełnie optymizm. Przecież był reprezentantem pokolenia, które z całym narodem przeżyło najtragiczniejsze doświadczenia XX wieku. A był jednak mistrzem w zbieraniu i ocalaniu tego, co pozostawało po klęsce, po tragedii, by na tym fundamencie zbudować na nowo coś bardzo ważnego. Pomagała Mu w tym wielka prawość, niespotykana pracowitość i zawsze młodzieńczy entuzjazm. Pomagała mu również umiejętność przekraczania podziałów i zaklętych kredowych kół, które bywały – jak często – przekleństwem Polaków. Dlatego tak wielu umiał przekonać do swoich racji, dlatego za autorytet na drogach XXI wieku uważają Go także ci, którzy kiedyś inaczej odczytywali polskie wyzwania. Dzisiaj wszyscy razem skłaniamy głowę w hołdzie przed wielkością Jego dzieła.
Jan Nowak-Jeziorański, Kurier z Warszawy, emisariusz między historią a przyszłością, pozostawia po sobie wielki testament. Ten testament składa się z naszych polskich spraw – wykorzystania szansy, którą mamy, włączenia Polski do wspólnej, zjednoczonej, wolnej Europy. Ale ten testament dotyczy także naszych sąsiadów, o czym mówił mi wielokrotnie i pisał bardzo płomienne listy, abyśmy umieli pomóc demokratycznej, wolnej Ukrainie - wierzę, że właśnie w tych dniach Jego nadzieje się spełniają, żebyśmy nie zapomnieli, starali się wesprzeć wszystko to, co może być drogą do demokracji i wolności Białorusi, żebyśmy potrafili znaleźć porozumienie z sąsiadami wszędzie tam, gdzie oni są i gdzie nawet stoją za nami wielkie historyczne rachunki. Jan Nowak-Jeziorański był patriotą, był człowiekiem, który nie tylko wiedział, co znaczy wolność i odpowiedzialność, ale wskazywał, jak należy to wypełniać. Był wielkim człowiekiem, który mówił nam, jak można widzieć silną Polskę w zjednoczonej Europie. I tego powinniśmy się od Niego uczyć. Bo On nadal zostaje z nami, chociaż odszedł. Uczyńmy więc wszystko – przede wszystkim niech będzie to zadanie młodych pokoleń, aby tę myśl, ten testament realizować, aby pielęgnować i umacniać niepodległą, demokratyczną Rzeczpospolitą – tę, o którą walczył, którą tak ukochał i w której był, jest i pozostaje na zawsze.
Panie Janie - Cześć Twojej Pamięci!

Podczas uroczystości pogrzebowych na Cmentarzu Powązkowskim Prezydenta RP reprezentowała Sekretarz Stanu w Kancelarii Prezydenta RP Barbara Labuda.