25 marca 2005 r. Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, Aleksander Kwaśniewski wystąpił do Trybunału Konstytucyjnego z wnioskiem o zbadanie zgodności z Konstytucją ustawy z dnia 21 stycznia 2005 r. o zmianie ustawy o nawozach i nawożeniu.
Po pierwsze, ustawa wprowadza dla podmiotów prowadzących hodowlę zwierząt o charakterze wielkostadnym nowe surowsze wymogi w zakresie przechowywania nawozów naturalnych w zbiornikach, wymagając ich przykrycia sztywną, szczelną płytą. Nowa regulacja miałaby obowiązywać od 1 maja 2005 r. Oznacza to nałożenie na podmioty prowadzące działalność rolniczą obowiązku wprowadzenia poważnych zmian w konstrukcji zbiorników w ciągu 1 miesiąca.
Po drugie, ustawa nakłada na wojewódzkiego inspektora ochrony środowiska obowiązek wstrzymania hodowli zwierząt, w przypadku stosowania nawozów naturalnych niezgodnie z planem nawożenia.
W ocenie Prezydenta RP obie te regulacje budzą wątpliwości, czy są zgodne z zasadą demokratycznego państwa prawa oraz zakazem nadmiernej ingerencji w konstytucyjne wolności i prawa jednostki.