Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski odznaczył pośmiertnie Wieńczysława Józefa Wagnera Krzyżem z Mieczami Orderu Krzyża Niepodległości, za wybitne zasługi poniesione w walce z bronią w ręku o suwerenność i niepodległość Państwa Polskiego w latach 1939-1956.

Nadany pośmiertnie Order został przekazany Rodzinie Zmarłego, podczas uroczystości pogrzebowych, które odbyły się dniu 2 sierpnia 2013 r. na Powązkach Wojskowych w Warszawie.