Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski odznaczył pośmiertnie prof. Krzysztofa Michalskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, za wybitny wkład w rozwój myśli o kondycji człowieka w nowoczesnym świecie, za stworzenie ważnego ośrodka międzynarodowej wymiany intelektualnej i badawczej w dziedzinie humanistyki, za osiągnięcia w promowaniu polskiej nauki.

Nadany pośmiertnie Order został przekazany Rodzinie Zmarłego przez Doradcę Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Jana Lityńskiego, podczas uroczystości pogrzebowych, które odbyły się dniu 22 lutego 2013 r. w Warszawie.