Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski odznaczył pośmiertnie Marka Skwarnickiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, za wybitne zasługi dla polskiej kultury, za osiągnięcia poetyckie i prozatorskie, za wieloletnią pracę dziennikarską w „Tygodniku Powszechnym” i „Znaku” oraz krzewienie wartości chrześcijańskich związanych z myślą i nauczaniem Jana Pawła II.

Nadany pośmiertnie Order został przekazany Rodzinie Zmarłego przez Doradcę Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Tadeusza Mazowieckiego, podczas uroczystości pogrzebowych, które odbyły się dniu 20 marca 2013 r. w Tyńcu.