Lech Kaczyński jeszcze jako Prezydent-Elekt uczestniczył w konsultacjach nad rządowym programem w dziedzinie ochrony zdrowia oraz rozwiązywaniu problemów kadrowych. Był jednym z inicjatorów powołania merytorycznego zespołu, zajmującego się pracą nad strategią rozwoju systemu ochrony zdrowia „Polskie Zdrowie 2005-2010”, którego przewodniczącym w pierwszym etapie prac był prezydencki doradca ds. zdrowia Tomasz Zdrojewski. Łącznie odbyło się 12 jedno- lub dwudniowych narad plenarnych z udziałem 97 ekspertów i polityków.

W ostatnich dwóch latach przedstawiciele Kancelarii Prezydenta RP z polecenia Prezydenta Lecha Kaczyńskiego prowadzili intensywne konsultacje i spotkania z szerokim gronem uczestników systemu ochrony zdrowia. Byli wśród nich reprezentanci różnych ugrupowań politycznych, m.in. obecna minister zdrowia Ewa Kopacz, były prezes NFZ Jerzy Miller, byli ministrowie zdrowia, a także parlamentarzyści, przedstawiciele pacjentów, związków zawodowych (m.in. OZZL, NSZZ „Solidarność”), środowisk ekonomicznych i finansowych. Wszystkie grupy zajmujące się problemami ochrony zdrowia, które zwróciły się z prośbą o spotkanie, zostały na nie zaproszone i mogły zaprezentować swoje stanowisko.

W okresie zaostrzania się protestów i zagrażających strajków Prezydent RP zwołał 9 czerwca 2006 r. Radę Gabinetową, poświęconą m.in. tym problemom.

Po raz pierwszy przygotowanie ponadpartyjnego porozumienia w sprawie problemów ochrony zdrowia Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej rozważał w maju 2007 roku, podczas zaostrzającego się konfliktu. Propozycję taką złożyli wówczas przedstawiciele OZZL, którzy w porozumieniu z doradcą Prezydenta RP prowadzili konsultacje w tej sprawie ze wszystkimi ugrupowaniami parlamentarnymi. Zmieniająca się sytuacja strajkowa i polityczna spowodowały, że inicjatywa ta nie została wówczas wprowadzona w życie.

W okresie protestów pracowników służby zdrowia przed Kancelarią Premiera, Prezydent Lech Kaczyński prowadził rozmowy z przedstawicielami rządu, dotyczące rozwiązania tych konfliktów, zwiększenia środków finansowych na ochronę zdrowia w Polsce oraz poprawy sytuacji młodych lekarzy w Polsce.

Kancelaria Prezydenta RP stale monitorowała prace nad aktami legislacyjnymi związanymi z ochroną zdrowia, prowadzone w parlamencie. W Kancelarii Prezydenta RP organizowano także plenarne spotkania i seminaria poświęcone zagadnieniom ochrony zdrowia, np. specjalne seminarium naukowe poświęcone komunikacji społecznej w ochronie zdrowia – „Protesty w publicznej służbie zdrowia w okresie wzrostu gospodarczego: paradoks czy prawidłowość?”

Doradcy na polecenie Prezydenta RP szczegółowo monitorowali i informowali o postępach prac nad przygotowywaną przez poprzedni rząd ustawą o systemie informacji w ochronie zdrowia. W uzgodnieniu i na prośbę Ministra Zdrowia kilka razy konsultowano projekt tej ustawy na oficjalnych naradach w Kancelarii Prezydenta z udziałem autorów projektu, przedstawicieli MSWiA, Prezesa NFZ i Prezesa GUS.

Prezydent Lech Kaczyński osobiście – jako były negocjator związkowy oraz specjalista w dziedzinie prawa pracy – konsultował z kierownictwem resortu zdrowia możliwości prawne przygotowania układu zbiorowego o pracę dla pracowników ochrony zdrowia. W ciągu dwóch lat w naradach i indywidualnych konsultacjach poświęconych problematyce ochrony zdrowia, zorganizowanych z inicjatywy głowy państwa, wzięło udział ponad stu ekspertów i polityków z różnych ugrupowań.

30 listopada 2007 r. doradca Prezydenta RP zaproponował Minister Zdrowia Ewie Kopacz wspólne z Biurem WHO w Polsce przygotowanie Raportu o Zdrowiu Polaków. Propozycja została wstępnie przyjęta.

Z inicjatywy Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej w województwie pomorskim od stycznia do czerwca 2007 r. przeprowadzono pilotaż projektu ustawy zajmującej się jakością, bezpieczeństwem finansowym i wyrównaniem dostępu do świadczeń w szpitalach w Polsce, nazwanej ustawą o sieci szpitali. 4 stycznia 2007 r. w Pałacu Prezydenckim odbyła się narada i oficjalna inauguracja programu z udziałem Ministra Zdrowia, autorów ustawy oraz władz samorządowych (PO) i wojewódzkich (PiS) województwa pomorskiego. W wyniku intensywnych, wspólnych i ponadpartyjnych prac na Pomorzu powstał ważny materiał dla Ministra Zdrowia oraz równolegle cenne wytyczne dla polityków zdrowotnych w regionie.