7 października 1999 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski, na wniosek Prezesa Rady Ministrów, powołał Marka Biernackiego w skład Rady Ministrów na urząd Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji. W uroczystości wzięli udział m.in: Jerzy Buzek, Prezes Rady Ministrów, członkowie Rady Ministrów, Jerzy Wierchowicz, przewodniczący klubu parlamentarnego UW oraz ministrowie w Kancelarii Prezydenta RP. Podczas uroczystości Prezydent Aleksander Kwaśniewski powiedział m.in: 33 dni trwał wakat na stanowisku ministra spraw wewnętrznych i administracji. Sądzę, że pora przystępować do niezwłocznych działań. Chcę życzyć Panu pomyślności. Objął Pan jedno z najważniejszych stanowisk w Rzeczypospolitej. Z miejscem Pana pracy związanych jest wiele społecznych oczekiwań, przede wszystkim tych, które dotyczą bezpieczeństwa, walki z przestępczością, zagwarantowania nam wszystkim pewności, że żyjemy w kraju dobrze zorganizowanym, życzliwym obywatelom. Chcę wyrazić nadzieję, że to co będzie Pan czynił przyniesie Panu jak najwięcej satysfakcji, Polsce jak najwięcej pożytku.