14 grudnia 1999 r. Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski spotkał się w Pałacu Prezydenckim z członkami Konferencji Rektorów Akademii Medycznych w Polsce. W spotkaniu uczestniczyli także przedstawiciele rządu z ministerstwa zdrowia i edukacji narodowej, na czele z minister zdrowia Franciszką Cegielską oraz ministrowie w Kancelarii Prezydenta RP - Ryszard Kalisz i Barbara Labuda. Tematem spotkania była przyszłość wyższego szkolnictwa medycznego w Polsce. Na mocy znowelizowanej w grudniu 1998 r. ustawy o zakładach opieki zdrowotnej, szpitale kliniczne znalazły się poza uczelniami medycznymi. Placówki te, o charakterze jednostek uniwersyteckich mają trzy podstawowe zadania: dydaktykę przed i podyplomową, działalność naukowo-badawczą oraz specjalistyczne usługi diagnostyczno-lecznicze. Od stycznia 1999 r. państwowe szpitale kliniczne przemianowano na samodzielne publiczne szpitale kliniczne, kliniki uczelni medycznych na oddziały, a profesorów-kierowników klinik określono ordynatorami. Zakres działalności w obecnych szpitalach został zawężony, skierowany głównie na realizację usług zakontraktowanych z kasami chorych. Rektorzy uważają, że szpitale kliniczne powinny być integralną częścią wyższych uczelni medycznych, tak jak to stanowi art. 76 projektu ustawy "prawo o szkolnictwie wyższym". Podczas spotkania prezydent Aleksander Kwaśniewski podkreślił potrzebę określenia statusu uczelni medycznych, czytelnego podziału kompetencji i żródeł finansowania szpitali klinicznych. Prezydent RP poparł stanowisko rektorów, że Akademie Medyczne nie mogą prawidłowo funkcjonować bez szpitali klinicznych. Po spotkaniu, Konferencja Rektorów Uczelni Medycznych wypracowała wspólne stanowisko, w którym podziękowano za zainteresowanie Pana Prezydenta przyszłością wyższego szkolnictwa medycznego w Polsce. Rektorzy wyrazili zadowolenie, że "Prezydent zdecydowanie poparł ich stanowisko o konieczności zachowania nierozłącznej więzi między uczelniami medycznymi a szpitalami klinicznymi. Służyć temu ma zadeklarowane przez Minister Zdrowia przyspieszenie wydania zarządzeń o przekazaniu części uprawnień organu założycielskiego - w stosunku do szpitali klinicznych - Rektorom uczelni medycznych oraz przygotowywanie nowych rozwiązań prawnych, które mają być konsultowane ze środowiskiem akademickim."