24 czerwca 2004 roku w Pałacu Prezydenckim Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski odwołał Ministra Marka Siwca ze stanowiska Sekretarza Stanu – Szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego. W uroczystości wzięli udział członkowie Rady Bezpieczeństwa Narodowego: nadinspektor Bogusław Strzelecki, gen. broni Henryk Szumski, adm. Floty Ryszard Łukasik, Szef Sztabu Generalnego Wojska Polskiego gen. Czesław Piątas oraz ministrowie w Kancelarii Prezydenta RP: Szef Kancelarii Prezydenta RP Jolanta Szymanek-Deresz i Szef Gabinetu Prezydenta RP Marek Ungier. Na podstawie art. 11 ustęp 3 ustawy o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej, postanowieniem Prezydenta z dnia 17 czerwca 2004 roku Marek Siwiec został odwołany ze stanowiska Sekretarza Stanu – Szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Zwracając się do zebranych Prezydent RP powiedział m. in.: To jest chwila bardzo szczególna, bowiem z Markiem Siwcem mam okazję współpracować od bardzo wielu lat. Była to współpraca na różnych stanowiskach, w różnych okresach polskiej historii, ale zawsze bardzo bliska, bardzo twórcza, przyjazna i przynosząca dobre owoce, nam osobiście dająca wiele satysfakcji. Minister Marek Siwiec przejął obowiązki kierowania Biurem Bezpieczeństwa Narodowego w 1997 roku, a pracę w Kancelarii zaczął zaraz na samym początku, po moim wyborze na to stanowisko. Chcę podziękować Panu Ministrowi za te lata, za jego wysiłki, energię, wręcz niespożytą energię, którą wszyscy bardzo wysoko ceniliśmy, za oddanie sprawom, które zostały mu powierzone i za twórczość. Muszę powiedzieć, że spośród wielu moich współpracowników przez wiele lat Minister Siwiec należał do tych, których mógłbym ocenić jako najbardziej twórczych, poszukujących, pełnych projektów, pomysłów, koncepcji. Jak widać ta twórczość się nie kończy, bo w końcu kandydowanie do europarlamentu jest kolejnym przejawem jego umiejętności realizowania trudnych projektów. Marku, chcę Ci podziękować i za tę codzienną pracę, ale i za kilka spraw, które niewątpliwie dla mnie osobiście jako Prezydenta Rzeczypospolitej, były nadzwyczaj istotne. Chcę Ci podziękować za wszystko, co uczyniłeś dla zbudowania dobrych relacji między Zwierzchnikiem Sił Zbrojnych a wojskiem Rzeczypospolitej, dowódcami, różnymi formacjami. To było bardzo ważne, żeby po niełatwym okresie poprzedzającym moją prezydenturę to wszystko ułożyć we właściwe ramy, zdobyć wzajemne zaufanie, szacunek i żeby to działało tak, jak działa. A obecność szefa Sztabu Generalnego na tej uroczystości jest potwierdzeniem tej właśnie bardzo rzeczowej, pełnej wzajemnego szacunku współpracy. Po drugie, chcę podziękować za wszystko, co Pan Minister Siwiec uczynił dla spraw bezpieczeństwa w wymiarze międzynarodowym, za aktywność w relacjach z naszymi partnerami amerykańskimi i europejskimi, tymi na Wschodzie i tymi na Południu Europy. To była często niełatwa, niewidoczna dla mediów praca, ale bardzo potrzebna, która budowała zaufanie do Polski, zaufanie do Prezydenta Rzeczypospolitej i która ma również swój udział w tym, co jest niewątpliwie wielkim dorobkiem Polski w ostatnich latach, że jesteśmy eksporterem stabilności, że żaden poważny problem, konflikt czy nieporozumienie nigdy nie wyszło stąd, z Warszawy czy z Polski. Chcę podziękować Panu Ministrowi Siwcowi za jego wielką rolę, którą odegrał w budowaniu relacji polsko-ukraińskich i pojednania polsko-ukraińskiego. Tu z Panem Ministrem wiemy najlepiej, być może kiedyś opiszemy to w pamiętnikach, jak było to ważne i trudne zadanie, jak wymagało cierpliwości, umiejętności, twardości z jednej strony, a życzliwości z innej strony, żeby się powiodło. Jak trzeba było mieć silne nerwy, żeby pokonać różne piętrzące się przeszkody, czasami zupełnie niespodziewane. Ale to jeszcze nie ta pora, żeby wszystkie szczegóły ujawniać. Chcę również podziękować Ci, Marku, za to, co uczyniłeś dla spraw polsko-żydowskich. To też kolejny wrażliwy temat, którym zajmował się Minister Siwiec. Wiele energii włożył on w to, żeby tych kontaktów było jak najwięcej i żeby były one oparte o wzajemny szacunek, o prawdę historyczną, a jednocześnie o tę umiejętność spojrzenia w przyszłość, w to, co powinno łączyć współczesnych Polaków i Żydów, Polaków i mieszkańców Izraela. Mamy za sobą przeżycia bardzo trudne, jak chociażby uroczystości, a przede wszystkim cały okres poprzedzający uroczystości w Jedwabnem. To jest na pewno część dorobku, który będzie zapisany w naszej historii i w którym Pan Minister Marek Siwiec ma swój niewątpliwy wkład. Mógłbym mówić dużo więcej, ale sądzę, że będziemy przecież mieli okazję jeszcze do spotkań i rozmów o różnych momentach i szczegółach tego długiego, prawie 9-letniego okresu współpracy tutaj, w Pałacu Prezydenckim. Za wszystko chcę Panu Ministrowi serdecznie podziękować. Podziękować, że przez te lata potrafiliśmy mówić ze sobą otwarcie, szczerze, czasami być może twardo, ale tego też wymagała sytuacja. Wiedziałem, że ze strony Ministra Siwca zawsze będzie gotowość do podejmowania działań, gotowość do podejmowania starań na rzecz tych spraw, które były ważne, że będzie zawsze lojalność, niespożyta energia, o której już wspominałem. Życzę Ci Marku, żebyś w europarlamencie wykorzystał wszystkie swoje najlepsze cechy, jakie masz – a masz ich bardzo wiele – doświadczenie, wiedzę, znajomość języków, liczne kontakty międzynarodowe, rozumienie problemów Europy, Polski i świata. Jestem przekonany. że możesz spełnić swoją rolę bardzo dobrze. Jestem też pewny, że po swoich rozlicznych doświadczeniach będziesz umiał unikać tych błędów, które się każdemu człowiekowi zdarzają. Nie wiem, jaka jest dozwolona prędkość na drogach w Belgii, ale wierzę, że będziesz zgodnie z europrzepisami poruszał się po tych bardzo ważnych dla nas europejskich szlakach. Chcę Ci z całego serca podziękować za lata naprawdę bardzo ważnej dla mnie i użytecznej dla Polski współpracy. Życzę Ci wszelkiego powodzenia i jestem przekonany, że mamy przed sobą jeszcze i wiele spotkań, i wiele możliwości współpracy. Panie Ministrze – serdeczne podziękowania za wszystko, co Pan dla Polski uczynił! Minister Marek Siwiec powiedział m. in.: 3 lipca minęłoby 8 lat i pół roku od rozpoczęcia tutaj pracy. Przez te lata mogę powiedzieć, że byłem świadkiem historii, którą Pan, Panie Prezydencie, tworzył. Tworzył Pan sukcesy, które są udziałem Polski i Polaków. Ta kadencja doczeka się wdzięczności i dobrego zapisu w historii naszego kraju(...) Dzisiaj Rzeczpospolita jest inna, jest lepsza, a stało się to za Pana udziałem i pod Pana przewodnictwem. Obowiązuje dzisiaj Konstytucja, którą Pan współtworzył. Działają nowe instytucje państwa demokratycznego, mamy nowoczesną, zawodową, subordynowaną armię pod cywilną kontrolą. Są stabilne instytucje finansowe, które regulują działanie państwa w tej dziedzinie. Jest w Polsce niezależny system sądowniczy. Można by mnożyć te doświadczenia, ale to jest miara tego, co się wydarzyło przez ostatnie 8,5 roku. Czas budowania tej nowej rzeczywistości to jest również upominanie się o prawdę historyczną. W stosunkach polsko-żydowskich rozpoczynaliśmy od konfliktu jak chronić Muzeum Auschwitz. 3 miesiące temu Prezydent Aleksander Kwaśniewski odebrał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Hebrajskiego w Jerozolimie. A po drodze realizowaliśmy Program Oświęcimski, weszła w życie ustawa o zwrocie mienia komunalnego, powiedziano prawdę o Jedwabnem(...). Drugie miejsce, gdzie walka o prawdę znalazła szczególną ilustrację to Polska i Ukraina. Prezydent Aleksander Kwaśniewski napełnił treścią hasło o pojednaniu polsko-ukraińskim. Tutaj w Polsce, w Jaworznie, Kaliszu, Lublinie, Warszawie, na grobach ukraińskich w Bieszczadach, miejscach bólu naszych partnerów, naszych braci ukraińskich, ale dzisiaj miejscach bólu upamiętnionych i za polskie pieniądze, za zgodą społeczności miejscowych. Nawet ofiary z Jaworzna, o czym mało kto mówi, w końcu doczekały się praw kombatanckich. Upominaliśmy się też o pamięć o naszej krwi na Ukrainie. Na odbudowanym Cmentarzu Orląt w 1999 roku słowa prawdy nie padły. Ale ta prawda popłynęła znad mogił Wołynia. Też się to nie stało samo. Mówię tutaj tylko o części historii, która była naszym wspólnym udziałem, ona się tworzy nadal i nadal ją współtworzymy. Od 15 czerwca jestem posłem do Parlamentu Europejskiego, zostałem wybrany w Wielkopolsce, która jak wiadomo jest sercem Europy, zostałem wybrany z poparciem Pana Prezydenta, kandydując z list Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Byłem wczoraj w Brukseli i widzę na własne oczy, jak zmieniła się pozycja naszego kraju. Jesteśmy partnerem Europy, Ameryki, Izraela i licznych państw arabskich. To jest unikalne wiano, jakie wnosimy do świata XXI wieku, targanego rozlicznymi konwulsjami. Myślę, że ci, którzy mnie wybrali, popierali, dokonali inwestycji długoterminowej, wysokooprocentowanej i o obniżonym stopniu ryzyka. W Brukseli i Strasburgu będą się działy teraz coraz ważniejsze polskie sprawy, coraz więcej tych spraw. Proszę wierzyć, że te lata spędzone razem z Panem Prezydentem są zobowiązaniem wyjątkowym i na tym nowym etapie będą zobowiązywać w sposób wyjątkowy. Wierzę, że mogę liczyć na wsparcie, przyjaźń jak do tej pory.