Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej – Zwierzchnik Sił Zbrojnych Lech Kaczyński w dniu 27 lutego 2006 r. mianował generała dywizji Franciszka Gągora na stopień generała broni oraz na stanowisko Szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Podczas uroczystości w Pałacu Prezydenckim odchodzący Szef Sztabu Generalnego Wojska Polskiego generał Czesław Piątas złożył meldunek o zdaniu obowiązków, a generał broni Franciszek Gągor o przyjęciu obowiązków Szefa Sztabu Generalnego.

Zwracając się do zebranych Prezydent RP powiedział m.in.:

Konstytucja RP przewiduje, iż stanowisko Szefa Sztabu Generalnego jest stanowiskiem kadencyjnym. To był powód dla którego przed trzema tygodniami odwołałem Pana generała Piątasa ze stanowiska Szefa Sztabu Generalnego. Po dłuższym zastanowieniu się, po rozmowach z wieloma osobami postanowiłem powołać na stanowisko Szefa Sztabu Generalnego, uzyskując na to kontrasygnatę premiera, Pana generała Franciszka Gągora. Pan generał Gągor jest wieloletnim doświadczonym oficerem, od ponad dziesięciu lat generałem Wojska Polskiego, jest człowiekiem, który ma szczególnie wielkie doświadczenie w pełnieniu misji za granicą. W ostatnim okresie był naszym wojskowym przedstawicielem przy NATO, pełnił samodzielne funkcje dowódcze na Bliskim Wschodzie. Nasza armia potrzebuje Szefa Sztabu takiego, który jest zdolny do bardzo szerokiej współpracy. Ja jako Zwierzchnik Sił Zbrojnych jestem najgłębiej przekonany, że nasza armia musi być zdolna także do samodzielnych działań. Będziemy w ciągu najbliższych lat czynić wszystko, aby stało się to w stopniu jeszcze większym niż dzisiaj. Ale trzeba pamiętać, że Polska na szczęście dla nas, jest członkiem NATO – wielkiej polityczno-militarnej międzynarodowej organizacji i współpraca z tą organizacją ma kluczowe znaczenie dla naszego bezpieczeństwa. To była jedna z przesłanek mojej nominacji. Wkrótce, choć nie potrafię powiedzieć dzisiaj jeszcze kiedy to dokładnie nastąpi, czeka nas szeroka reforma najszerzej pojętego dowództwa Sił Zbrojnych. Sądzę, że Pan generał Gągor jest z tego punktu widzenia właściwym człowiekiem na właściwym miejscu.
Chciałbym podziękować bardzo Panu Generałowi Piątasowi za wieloletnia pracę na stanowisku Szefa Sztabu Generalnego. Można powiedzieć, że cały proces integrowania naszych Sił Zbrojnych ze strukturą NATO-wską to były lata pracy Pana generała na tym stanowisku. Powinniśmy mu za to być wszyscy bardzo wdzięczni. Tutaj, z tego miejsca jako Zwierzchnik Sił Zbrojnych chciałem Panu generałowi za to raz jeszcze serdecznie podziękować, życząc jednocześnie nie tylko jak najwięcej powodzenia w życiu osobistym, ale także powodzenia w życiu zawodowym, bo przecież jest Pan generał ciągle jeszcze człowiekiem młodym. Takie są reguły Sił Zbrojnych, że tutaj czas służby kończy się stosunkowo wcześnie, jeszcze w pełni sił. Wszystkiego najlepszego Panie generale!
A do Pana generała Gągora chciałbym skierować słowa nadziei. Czeka Pana trudna służba w na pewno nie łatwym okresie – nasze Siły Zbrojne są jeszcze dziś w Iraku, są w Afganistanie, czekają nas trudne zadania. Czeka nas tez duży wysiłek modernizacji Sił Zbrojnych. Nasza armia musi odpowiadać rozmiarom i potencjałowi naszego państwa. Zrobię wszystko żeby tak się stało i liczę w tej sprawie na bardzo bliską współpracę z Panem. Dziękuję i gratuluję.